Если заливаем/удаляем файлы мимо web интерфейса или приложения, в базе данных нет сведений об изменении структуры файлов. Нужно провести индексацию. Это можно сделать встроенной в Nextcloud утилитой occ.

Переходим в папку с установленным Nextcloud
```bash
cd /var/www/nc
```

И запускаем команду индексирования
```bash
sudo -u www-data php occ files:scan --all
```


или указывая полный путь
```bash
sudo -u www-data php /var/www/nc/occ files:scan --all
```

в настройках nextcloud по адресу
`/var/www/nextcloud/config/config.php`

добавим строку 
`'filesystem_check_changes' => 1,`